A Ciszterci Rend alkotmánya (Charta Caritatis) szerint az apátságokat két intézménynek kellett összetartania, szerzetesrenddé alakítania. Az egyik az apátok évenként megtartandó általános gyűlése, a generális káptalan volt, a másik az atyaapátoknak (monostort alapító apátoknak) a leánymonostorokban végzett évenkénti látogatása, vizitációja. A nagy távolságok és az országok között kialakult politikai feszültségek ezeknek megtartását már a 14. századtól kezdve mindinkább akadályozták. A káptalan, majd a cisterciumi (generális) apát előbb területi vizitátorokat majd vikáriusokat nevezett ki. Több tartományban az apátságok tömörültek szövetségbe, kongregációba, hogy megvédjék jogaikat és függetlenségüket. Az első ciszterci kongregáció a kasztíliai apátságokból létesült 1425-ben. Ausztria 14 apátsága előbb egy vikárius alá tartozott, majd 1859-ben az Osztrák-magyar monarchia területén létrejött a Congregatio Austriaca, amelybe a zirci apátság is beletartozott.

1920-ban az Osztrák-magyar monarchia részekre bomlott, és időszerűvé vált, hogy a magyar ciszterciek saját viszonyaiknak megfelelően önálló kongregációt alkossanak. 1923-ban XI. Pius pápa felállította a Ciszterci Rend Zirci Kongregációját, amelynek központja Zirc, feje a zirci apát.Ekkor hozzátartozott a Szentgotthárdi Apátság, amelynek címét a zirci apát viseli, továbbá az egri, székesfehérvári, pécsi, bajai, budai és előszállási rendház és a budapesti tanulmányi ház. 1947-től 1977-ig a nagyrészt magyar ciszterciektől benépesített amerikai Spring Bank perjelség (Wisconsin, 1963-tól apátság), 1955-től a magyar ciszterciek által alapított Dallas-i perjelség (1963-tól apátság), végül 1996-tól a ciszterci nővérek apátsága, a Boldogasszony Háza Kismaroson a Zirci Kongregáció tagja lett.

Minden kongregációnak megvan a maga alkotmánya, konstitúciója. A Zirci Kongregáció konstitúcióját hosszú előmunkálatok után először 1941-ben hagyta jóvá a Szentszék.

Magyarországon az államhatalom 1950. szeptember 7-én megtiltotta csaknem az összes szerzetesrend működését, köztük a ciszterciekét is. 1989-ben, amikor a szerzetesrendek újraszerveződhettek, a Zirci Kongregációnak új alkotmányra, új konstitúcióra volt szüksége a megváltozott körülmények miatt, mert akkor már két (Zirc, Dallas), 1996-tól Kismarossal már három apátság tartozik a Kongregációhoz. A Szentszék 1991-ben és 2000-ben jóváhagyta a Zirci Kongregáció új konstitúcióját. A Kongregáció elnöke, prézes apátja a mindenkori zirci apát, közgyűlésének, káptalanjának tagjai a kormányzó apátok és az apátságok választott küldöttei.

A kongregáció prézes apátjai voltak: Békefi Remig 1923-1924, Werner Adolf 1924-1939, Endrédy Vendel 1939-1981, Kerekes Károly 1987-1996, Zakar Polikárp 1996-2010, Dékány Sixtus 2011-2017, Bérczi Bernát 2018-tól.